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Cómo contabilizar las liquidaciones de Shopify Payments en España

Miras el banco: Shopify te ha ingresado 10.138,99 €. Miras tu tienda: has vendido 10.770,98 €. Faltan 631,99 € y nadie te ha explicado dónde están. Si tu contabilidad registra "lo que entra en el banco" como venta, tienes dos problemas: estás declarando mal el IVA y tienes un gasto invisible.

Este artículo sale de hacer esto cada mes para tiendas reales. Los números del ejemplo son de un cliente nuestro de moda (anonimizado): su agosto en Shopify, tal cual.

🧩 Por qué el ingreso del banco nunca cuadra con tus ventas

Shopify Payments no te transfiere tus ventas. Te transfiere un payout: un neto que resulta de esta resta.

Agosto real de una tienda española · export de payouts de Shopify
ConceptoImporte
Cargos (ventas cobradas por la pasarela)10.770,98 €
Devoluciones−378,30 €
Comisiones de pasarela (2,36%)−253,69 €
Neto liquidado (lo que llega al banco)10.138,99 €

Y encima no llega todo a la vez: los payouts se liquidan con 1-2 días de decalaje, así que a cierre de mes siempre hay una parte «in transit» — cobrada por Shopify pero todavía no ingresada en tu banco. En el ejemplo real de arriba, a 18 de agosto había 5.506,33 € en tránsito. Si cierras el mes mirando solo el banco, ese dinero no existe. Existe: está de camino.

🚨 El error típico (y por qué es caro)

El atajo que vemos constantemente: contabilizar cada ingreso bancario de Shopify como una venta.

Eso provoca tres errores a la vez. Primero: infravaloras tus ventas (declaras 10.138 € cuando vendiste 10.770 €), y el IVA repercutido que declaras en el Modelo 303 —el impuesto que cobras a tus clientes y le pasas a Hacienda cada trimestre— sale mal. Segundo: la comisión de la pasarela desaparece — es un gasto deducible que nunca registras, así que pagas de más en Sociedades. Tercero: tu margen bruto parece mejor de lo que es, y decides precios y rebajas con un número inflado.

El dato que casi nadie tiene en su P&L: en 2026, la comisión media de pasarela de este cliente fue el 2,56% de todo lo cobrado — más de 2.000 € al año que salían del margen sin que nadie los viera. No estaban en su modelo financiero como línea de coste. Ahora sí.

✍️ Cómo se contabiliza bien: los 4 asientos

La clave es una cuenta puente para la pasarela. Nosotros usamos una subcuenta de tesorería tipo 572.9 «Shopify Payments» (también es válido montarlo sobre una 430/440 si tu asesor lo prefiere): representa el dinero que Shopify ya cobró por ti pero aún no te ha transferido.

1 · La venta (cuando el cliente paga en la tienda)

Ejemplo: pedido de 121 € con IVA (Península, tipo general 21%)
CuentaConceptoDebeHaber
572.9Shopify Payments (pasarela)121,00
700Venta de mercaderías100,00
477IVA repercutido21,00

La venta se registra por su importe completo y en su fecha, no cuando llega el payout. Si vendes desde Canarias o a clientes de la UE, las cuentas de impuesto cambian (IGIC, OSS) — la mecánica de la pasarela es la misma.

2 · La comisión de Shopify

CuentaConceptoDebeHaber
626Servicios bancarios y similares (comisión pasarela)3,10
572.9Shopify Payments (pasarela)3,10

Shopify factura estas comisiones desde Irlanda (Shopify International Ltd.). Eso las convierte en una operación intracomunitaria con sus propias implicaciones en el 303 y el 349 — el detalle exacto depende de tu caso y es terreno de tu asesor fiscal (o nuestro, si trabajamos juntos). Lo que es innegociable: la comisión tiene que estar registrada como gasto.

3 · La devolución (cuando la hay)

CuentaConceptoDebeHaber
708Devoluciones de ventas100,00
477IVA repercutido (rectificación)21,00
572.9Shopify Payments (pasarela)121,00

4 · El payout (cuando Shopify transfiere al banco)

CuentaConceptoDebeHaber
572Banco c/c10.138,99
572.9Shopify Payments (pasarela)10.138,99

Fíjate en lo elegante del sistema: el payout no toca ventas, ni IVA, ni gastos. Es un simple traspaso entre "dinero en la pasarela" y "dinero en el banco". Toda la sustancia contable ya ocurrió en los asientos 1-3.

✅ La prueba del algodón: conciliar la 572.9

Si lo has hecho bien, el saldo de la cuenta puente a cierre de mes tiene que ser exactamente el importe «in transit» que muestra Shopify en su export de payouts. Ni un céntimo más.

Esa es nuestra conciliación mensual: saldo contable de la 572.9 contra el pending de Shopify, y movimientos del extracto bancario contra payouts liquidados. Cuando no cuadra, hay una devolución sin registrar, un chargeback, o un cargo de Shopify (app, suscripción) mezclado en la liquidación — y se encuentra en minutos, no rebuscando en marzo lo que pasó en agosto.

Anti-humo: este artículo explica la mecánica contable general. Los tipos de IVA/IGIC, el tratamiento de la comisión intracomunitaria y los regímenes especiales dependen de tu situación concreta — el cumplimiento formal es responsabilidad de la empresa y su asesor fiscal. Lo que hacemos en Mouni es automatizar esta mecánica y dejar cada cierre cuadrado para que ese asesor (nosotros u otro) trabaje sobre números correctos.

💡 Si tienes tienda y esto te suena a trabajo

Lo es. Con volumen, hacerlo a mano deja de ser viable: cientos de pedidos, decenas de payouts, devoluciones cruzadas entre meses. Nosotros lo hacemos con automatización conectada a Holded — la venta, la comisión y el payout se registran solos, y una persona revisa las excepciones.

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Es exactamente lo que hace nuestro servicio de CFO externo para tiendas online: conciliación de pasarela y banco, margen real por producto, cobertura de stock y tus modelos AEAT presentados. Con precios públicos.

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Pablo Gil Diéguez — founder de Mouni Partners y CFO externo en activo. Escribe la newsletter Finanzas sin humo.

Método y fuentes: cifras del export oficial de payouts de Shopify de un cliente real de Mouni (agosto 2026), anonimizado. Cuentas según Plan General Contable español; la numeración de subcuentas es orientativa y debe adaptarse al plan contable de cada empresa.