Cómo contabilizar las liquidaciones de Shopify Payments en España

Shopify te dice que este mes ha liquidado 10.138,99 €. En tu tienda has vendido 10.770,98 €. Y en el banco han entrado 4.632,66 €. Tres cifras distintas, las tres correctas — y si tu contabilidad registra "lo que entra en el banco" como venta, tienes dos problemas: estás declarando mal el IVA y tienes gastos invisibles.

Este artículo sale de hacer esto cada mes para tiendas reales. Los números del ejemplo son de un cliente nuestro de moda (anonimizado, con su permiso): su agosto en Shopify, tal cual, de principio a fin. Al final del artículo, el mes entero cuadra al céntimo.

🧩 Por qué el banco nunca cuadra con tus ventas

Shopify Payments no te transfiere tus ventas. Genera un neto del periodo que resulta de esta resta:

Y es que los payouts no llegan al instante: en España, Shopify Payments suele liquidar entre T+2 y T+7 días según la antigüedad y el perfil de riesgo de la cuenta. Por eso a cierre de mes siempre hay una parte «in transit»: dinero ya cobrado a tus clientes que todavía no está en tu banco. Si cierras el mes mirando solo el extracto, ese dinero no existe. Existe: está de camino, y tu contabilidad tiene que reflejarlo.

🚨 El error típico (y por qué es caro)

El atajo que vemos constantemente: contabilizar cada ingreso bancario de Shopify como una venta.

Eso provoca tres errores a la vez. Primero: infravaloras tus ventas (declararías ~4.633 € el mes que vendiste 10.771 €), y el IVA repercutido del Modelo 303 —el impuesto que cobras a tus clientes y le pasas a Hacienda— sale mal. Declarar de menos no es gratis: es una infracción por dejar de ingresar (art. 191 LGT) con sanciones del 50-150% de la cuota, o recargos si regularizas tú antes de que te lo pidan. Segundo: la comisión de la pasarela desaparece — un gasto deducible que nunca registras. Tercero: tu margen de contribución —el que usas para decidir precios y rebajas— parece mejor de lo que es.

Y hay un motivo nuevo para hacerlo bien: con la normativa DAC7, las plataformas reportan a la AEAT los importes cobrados por cada vendedor. Si tú declaras el neto bancario y Shopify reporta el bruto, el descuadre le llega a Hacienda en bandeja, sin que nadie tenga que venir a buscarlo.

✍️ Cómo se contabiliza bien: los 4 asientos

La clave es una cuenta puente para la pasarela. Nosotros usamos una subcuenta tipo 572.9 «Shopify Payments» como cuenta operativa del día a día porque es cómoda y todo el mundo la entiende. Matiz de rigor: el saldo en Shopify no es un depósito bancario — es un derecho de cobro frente a Shopify, así que si el saldo es material a cierre de ejercicio, se reclasifica a deudores (440/430x) para que el balance no infle el epígrafe de efectivo. Lo verás en el asiento 5.

Primero la mecánica con un pedido didáctico de 121 €; después, el mes completo del ejemplo real.

1 · La venta

La venta se registra por su importe completo, nunca por el neto del payout. Sobre la fecha, un matiz técnico que casi nadie cuenta: el IVA se devenga con el cobro (en ecommerce el cliente paga por adelantado — art. 75.Dos LIVA), pero el ingreso contable se reconoce con la entrega (NRV 14ª del PGC). Con envíos de 24-72 horas ambas fechas coinciden a efectos prácticos; a 31 de diciembre no: los pedidos cobrados y aún no entregados a cierre deberían quedar como anticipos de clientes (438), no como venta del ejercicio. Es el ajuste de corte clásico que mira cualquier auditor.

Si vendes envío aparte, los portes cobrados al cliente forman parte de la base imponible y llevan el mismo tipo de IVA que el producto (accesoriedad — art. 78 LIVA); contablemente van a 700 o a 705 si quieres seguimiento separado.

2 · La comisión de Shopify

Fíjate: la comisión se calcula sobre el total cobrado con IVA incluido (3,10 € ≈ 2,56% de 121 €). Del tratamiento de IVA de esta comisión —que viene facturada desde Irlanda y tiene su propia miga— hablamos en la sección siguiente, porque merece más de un paréntesis.

3 · La devolución (cuando la hay)

Dos cosas que la gente descubre por las malas. Una: rectificar el IVA de una devolución exige emitir factura rectificativa (art. 15 del Reglamento de Facturación) — el abono en Shopify no basta como soporte. Dos: Shopify no devuelve la comisión del pedido reembolsado: tú devuelves los 121 € completos al cliente, pero los 3,10 € de comisión se quedan como gasto. No los busques en el descuadre — no es un error, es la tarifa.

4 · El payout (cuando Shopify transfiere al banco)

Fíjate en lo elegante del sistema: el payout no toca ventas, ni IVA, ni gastos. Es un traspaso entre "dinero en la pasarela" y "dinero en el banco", por lo efectivamente abonado — no por el neto del periodo. Toda la sustancia contable ya ocurrió en los asientos 1-3. Lo que aún no se ha transferido se queda, correctamente, como saldo de la 572.9.

✅ La prueba del algodón: el mes entero, al céntimo

Si lo has hecho bien, el saldo de la cuenta puente a cierre tiene que ser exactamente el «in transit» del export de Shopify. Con el mes real del ejemplo:

Asiento 5 (solo a cierre de ejercicio, si el saldo es material): reclasificar el saldo de la 572.9 a una cuenta de deudores (440) para que el balance presente ese importe como derecho de cobro, no como efectivo. El 1 de enero, vuelta a la operativa normal.

Esa es nuestra conciliación mensual: saldo contable de la 572.9 contra el pending de Shopify, y extracto bancario contra payouts liquidados. Cuando no cuadra, la causa suele estar en una lista corta: un chargeback (retirada del importe más su comisión de disputa), un cargo de Shopify neteado del payout (suscripción, apps, Shopify Shipping — cada uno con su asiento de gasto contra la 572.9), ventas en otra divisa con su comisión de conversión y sus diferencias de cambio, o una retención temporal de la pasarela. Con la cuenta puente bien llevada, cualquiera de ellas se encuentra en minutos.

🇮🇪 El IVA de la comisión: el test de la factura

Shopify factura sus comisiones desde Irlanda (Shopify International Ltd.). Aquí es donde más errores vemos, y la respuesta corta es: depende de lo que diga tu factura. Descárgala (Configuración → Facturación en Shopify) y mira la mención de IVA:

Si dice «VAT reverse charged» / inversión del sujeto pasivo: el servicio es sujeto y no exento. Te autorrepercutes el IVA en el Modelo 303 (lo declaras y lo deduces a la vez — efecto caja cero si tienes derecho a deducción plena) y la operación sí va al Modelo 349.

Si dice «VAT exempt» / exento: no hay cuota que autorrepercutir y no va al 349 (el 349 solo recoge servicios intracomunitarios sujetos y no exentos). Es el tratamiento habitual de comisiones de entidades de pago autorizadas, como Stripe.

Si viene con IVA irlandés del 23%: algo está mal configurado — te falta cargar tu NIF-IVA intracomunitario en Shopify. Ese IVA extranjero no es deducible en tu 303: como mucho se recupera por el procedimiento de devolución a no establecidos, que es lento y con umbrales. Es el error que más dinero cuesta: date de alta en el ROI (modelo 036) y sube tu VAT ID a Shopify hoy.

💡 Si tienes tienda y esto te suena a trabajo

Lo es. Con volumen, hacerlo a mano deja de ser viable: cientos de pedidos, decenas de payouts, devoluciones cruzadas entre meses, chargebacks, apps neteadas. Nosotros lo hacemos con automatización conectada a Holded — la venta, la comisión y el payout se registran solos, y una persona revisa las excepciones. (Dato práctico para quien lo haga a mano: para cientos de pedidos B2C con factura simplificada, el reglamento de IVA permite el asiento resumen global por periodo — art. 63.4 RIVA. Te ahorra la vida.)

Pablo Gil Diéguez

Founder de Mouni y CFO externo de marcas de ecommerce, agencias y SaaS en España. Cada semana publicamos una guía sin humo sobre finanzas y fiscalidad de negocios digitales.

Método y fuentes: cifras del export oficial de payouts de Shopify de un cliente real de Mouni (agosto 2026 y últimos 12 meses), anonimizado con su permiso. El desglose de IVA del cuadro mensual es ilustrativo (tipo peninsular 21%). Cuentas según Plan General Contable (RD 1514/2007); numeración de subcuentas orientativa. Referencias: arts. 75.Dos, 78 y 84 LIVA · art. 15 RD 1619/2012 · art. 63.4 RIVA · arts. 106.4 y 191 LGT · NRV 14ª PGC · DAC7 (RD 117/2024).