Contabilidad de una tienda online: cómo llevarla, con un mes de asientos

La contabilidad de una tienda online no se parece a la de un negocio que factura a diez clientes al mes. Vendes cientos de pedidos pequeños a particulares, el dinero no llega al banco sino a Shopify, a PayPal o a Amazon, una parte vuelve en devoluciones y otra se queda en el almacén. Si todo eso se registra mirando el extracto, las ventas, el IVA y el margen salen mal a la vez. Aquí tienes cómo se lleva bien: qué libros te tocan, cómo se facturan los pedidos, el mapa de cuentas y un mes entero de asientos de una tienda que vende en su web y en Amazon.

🛒 Qué tiene de distinto la contabilidad de una tienda online

Las reglas son las mismas que para cualquier empresa: el Plan General de Contabilidad y la ley del IVA. Lo que cambia es por dónde pasa el dinero, y eso obliga a montar la contabilidad de otra forma:

• Muchas ventas pequeñas a particulares. No se anotan una a una a mano: se resumen por día, canal y tipo de IVA.
• Cobras a través de intermediarios. Shopify Payments, PayPal, Stripe o Amazon cobran por ti y te pagan días después, juntas y sin sus comisiones. El ingreso del banco nunca es tu venta.
• Devoluciones. Cada una pide su factura rectificativa y su asiento, y en muchas pasarelas la comisión del pedido no se devuelve.
• Stock. Lo que compras no es lo que vendes. Sin regularizar existencias, tu margen de cada mes es un número inventado.
• Proveedores de otros países. La publicidad de Meta o Google y a menudo las comisiones del marketplace llegan facturadas desde otro país de la UE, sin IVA, y te toca a ti declararlo.

📚 Qué libros tienes que llevar

Depende de cómo estés dado de alta:

Si eres autónomo y revendes producto a particulares, lo normal es que estés en recargo de equivalencia (art. 154 y siguientes de la Ley del IVA), y entonces casi todo lo que dice este artículo sobre el IVA no va contigo: tu proveedor te cobra el IVA más un recargo, tú no presentas el 303 por tus ventas ni deduces el IVA de tus compras, y no estás obligado a hacer factura a particulares. Lo que sí tienes que llevar son los libros del IRPF, y sí tienes que declarar en el 303 el IVA de servicios como la publicidad de Meta o la suscripción de Shopify. No se aplica si fabricas o personalizas el producto, ni a las sociedades.

La documentación se guarda seis años (art. 30 del Código de Comercio). Y si vendes a otros países de la UE por la ventanilla única, el registro de esas ventas, diez (art. 63 quater del Reglamento de Ejecución (UE) 282/2011). Este artículo sigue la lógica de una SL, que es la forma de casi todas las tiendas que ya facturan en serio; si eres autónomo, la parte de facturas, cobros e IVA te sirve igual.

🧾 Facturas: simplificadas, rectificativas y asiento resumen

Cada pedido necesita su factura, aunque el cliente no la pida. La excepción más habitual en tiendas pequeñas es el autónomo en recargo de equivalencia, que con carácter general no está obligado a expedirla (art. 3 del Reglamento de facturación). La buena noticia es que a un particular le basta una factura simplificada (lo que antes era el ticket): en ventas al por menor se puede emitir hasta 3.000 € con IVA incluido, según el art. 4 del Reglamento de facturación. No necesita los datos del cliente, salvo que sea una empresa y te los pida.

Dos excepciones que afectan a las tiendas online. Una: si vendes a particulares de otros países de la UE y esas ventas tributan allí, la simplificada solo vale si las declaras por la ventanilla única; si no, factura completa. Si estás por debajo del umbral de 10.000 € y aplicas IVA español, sigue valiendo la simplificada. Lo explicamos en IVA en ventas a la UE desde tu tienda. Dos: cada devolución lleva su factura rectificativa; el reembolso en Shopify no sirve como justificante.

Lo que alivia el día a día es que, en el libro registro de facturas expedidas, no hace falta anotar los pedidos uno a uno. La AEAT admite un asiento resumen diario de las facturas expedidas el mismo día cuando no hace falta identificar al cliente, son del mismo mes y llevan el mismo tipo de IVA. Con la base, el tipo, la cuota y el primer y último número de factura, mil pedidos de un día caben en una línea por tipo de IVA.

Y desde 2027, el programa con el que emites esas facturas (Shopify, una app o tu programa de contabilidad) tendrá que cumplir VeriFactu: desde el 1 de enero si tu tienda es una sociedad y desde el 1 de julio si eres autónomo. Lo contamos en VeriFactu: el calendario real de 2027.

🗂️ El mapa de cuentas de una tienda online

La pieza que lo ordena todo es una cuenta puente por cada sitio donde cobras. La venta entra en la cuenta puente por su importe completo; las comisiones y devoluciones salen de ella; y el pago al banco la vacía. Lo que queda a fin de mes es dinero que la pasarela ya cobró y aún no te ha mandado.

Sobre la 572.9: el saldo en Shopify no es dinero en el banco sino un derecho de cobro frente a Shopify, así que si a 31 de diciembre es relevante se reclasifica a deudores. Esto y el detalle de cada asiento de Shopify Payments, con un mes real de una tienda de moda, están en cómo contabilizar Shopify Payments.

📊 Un mes entero, asiento a asiento

Una tienda de cosmética (ejemplo inventado) vende en su web con Shopify Payments y en Amazon. En el mes: 10.000 € de ventas en la web y 3.000 € en Amazon, sin IVA; 400 € de devoluciones; 1.500 € de anuncios en Meta; 5.500 € de compras a su fabricante y 900 € de envíos. Tenía 20.000 € de stock a principio de mes y 21.000 € al cerrarlo. Todo al 21 % de IVA.

Las comprobaciones que hacemos antes de dar el mes por cerrado:

• La cuenta puente de Shopify acaba con 2.400 € (12.100 − 484 − 302,50 − 8.913,50). Tiene que coincidir con lo que Shopify marca como pendiente de pago a fin de mes. Si coincide, está bien; si no, falta un pago, una devolución o una comisión.
• La cuenta de Amazon acaba a cero porque liquidó todo el mes. Si a fin de mes queda un periodo abierto, el saldo es lo que Amazon te debe de ese periodo.
• La inversión del sujeto pasivo (asientos 6 y 8): cuando una empresa de otro país de la UE te factura un servicio sin IVA y tú tienes NIF-IVA, eres tú quien declara el IVA, como repercutido y como soportado a la vez (art. 84 de la Ley del IVA). No te cuesta dinero, pero va en el modelo 303 y en el 349 (clave I). Para leer la factura de tu marketplace: si viene con IVA español, es IVA soportado normal, deducible en el 303; si viene de otro país de la UE sin IVA, inversión del sujeto pasivo, 303 y 349. En el ejemplo suponemos el segundo caso.
• La comisión de la pasarela (asiento 3) va sin IVA porque el cobro con tarjeta suele ser un servicio financiero exento (art. 20.Uno.18.º de la Ley del IVA), y no va al 349. Compruébalo en tu factura con el test de cómo contabilizar Shopify Payments. La cuota mensual de Shopify y las apps, en cambio, no son servicios financieros: llegan desde Irlanda sin IVA y llevan inversión del sujeto pasivo y 349, como Meta.

📈 Qué te dice ese mes (y qué te diría mirando solo el banco)

Con los asientos bien hechos, la cuenta de resultados del mes sale así:

Ahora el atajo que vemos en muchas tiendas: tomar lo que entra en el banco como venta. En el mes entraron 11.999 € (8.913,50 de Shopify y 3.085,50 de Amazon). Si eso se trata como ventas con IVA, la base sale de 9.916,53 €: 2.683,47 € de ventas desaparecen, el IVA del trimestre sale mal y los 847 € de comisiones de pasarela y de Amazon no aparecen como gasto en ningún sitio. Y sin el asiento del stock, el mes en que haces un pedido grande al fabricante parece malo y el siguiente parece buenísimo, cuando ninguno de los dos lo es.

Las comisiones no son calderilla. En una tienda de moda que llevamos, las de la pasarela sumaron 2.071,60 € en doce meses: un 2,56 % de lo cobrado. Cuánto deja cada canal después de esos costes lo comparamos en margen por canal: marketplace o web propia.

El IVA del mes, para que veas cómo encaja: 3.075,35 € devengados (2.100 − 84 + 630 de ventas, más 429,35 autorrepercutidos de Amazon y Meta) y 1.773,35 € soportados (compras, envíos y los mismos 429,35). Salen 1.302 € que se sumarán a los otros dos meses en el 303 del trimestre.

⚙️ Cómo queda en Holded

Así lo montamos nosotros en Holded con las tiendas que llevamos:

• Las ventas entran solas. La integración de Shopify con Holded trae los pedidos pagados como factura o ticket y las devoluciones como rectificativas. Con WooCommerce funciona parecido (aquí, sus diferencias). Cada canal con su serie y su cuenta de ventas.
• Una cuenta de tesorería por pasarela. Los cobros de las facturas de la web van a la cuenta de Shopify Payments o de PayPal, no al banco. El pago al banco se registra como un traspaso, con la comisión aparte.
• Las comisiones y la publicidad, como facturas de proveedor, con el IVA bien configurado: inversión del sujeto pasivo cuando vienen de otro país de la UE.
• El stock, regularizado cada mes, no solo en diciembre. Cómo conectar el almacén de Holded con el balance está en inventario en Holded.
• El banco, conciliado cada semana. Si cada movimiento casa con un pago de la pasarela, una factura o un traspaso, el cierre del mes es revisar, no reconstruir. Ver conciliación bancaria en Holded.

✅ El cierre de cada mes en 7 pasos

1. Descarga los informes de cada canal: pagos y transacciones de Shopify Payments, PayPal y Stripe, y la liquidación de cada marketplace.
2. Revisa que las ventas estén todas: el total del informe del canal tiene que coincidir con lo facturado en esa serie, por tipo de IVA y por país.
3. Registra las comisiones y las devoluciones de cada pasarela y marketplace, cada una con su factura.
4. Cuadra cada cuenta puente: el saldo tiene que ser lo pendiente de pago, ni un euro más.
5. Mete las facturas de proveedores, con atención a las que llegan de otro país de la UE sin IVA.
6. Regulariza el stock con la valoración de tu inventario a fin de mes.
7. Mira la cuenta de resultados por canal y compárala con el mes anterior. Si algo se ha movido mucho, casi siempre es un asiento que falta, no una buena noticia.

Este cierre es el capítulo 1 de nuestra guía gratuita para gestionar un ecommerce, junto con el IVA, el margen, el stock y la caja. Y el resto de artículos para tiendas online están reunidos en las guías para ecommerce.

❓ Preguntas rápidas

¿Tengo que hacer una factura por cada pedido de mi tienda online? Sí, salvo excepciones como el autónomo en recargo de equivalencia. Cada venta necesita su factura, aunque el cliente no la pida. A un particular le basta una factura simplificada, hasta 3.000 € con IVA incluido en ventas al por menor, y en el libro registro puedes anotar un asiento resumen por día y tipo de IVA en lugar de cada pedido.

¿En qué cuenta va el dinero que tengo en Shopify, PayPal o Amazon? En una cuenta puente por canal, por ejemplo una 572.9 para Shopify Payments y una 430.1 para Amazon. Ahí entra la venta completa, salen comisiones, devoluciones y pagos al banco, y lo que queda a fin de mes es lo que la plataforma te debe todavía.

¿Puedo contabilizar como venta lo que me ingresa Shopify en el banco? No. El ingreso es la venta menos devoluciones y comisiones, y llega días después. Si lo usas como venta, declaras menos IVA del que cobraste y las comisiones desaparecen como gasto. En el ejemplo del artículo, faltarían 2.683,47 € de ventas en un solo mes.

¿Necesito un contable si ya tengo la integración de Shopify con Holded? La integración trae los pedidos como facturas, pero no cuadra los pagos de la pasarela, no registra comisiones ni facturas de otros países y no regulariza el stock. Ese cierre mensual lo tiene que hacer alguien, tú o tu asesoría.

Pablo Gil Diéguez

Founder de Mouni y CFO externo de marcas de ecommerce, agencias y SaaS en España. Cada semana publicamos una guía sin humo sobre finanzas y fiscalidad de negocios digitales.